Wellcome Trust Sanger Institue

Az intézetet (ahol január eleje óta dologozom) a Wellcome Trust angliai székhelyű kutatásfinanszírozó alap hozta létre és tartja fenn, évi kb. 70 milló fontos appanázzsal, amit a külső források bevonása tovább hízlal. Ez anglián belül is rendkívül soknak számít, ami miatt van némi tudománypolitikai feszültség az intézet és a soványabb közpénzből finanszírozott akadémiai kutatóhelyek között.

Mivel a terület nem korlátozó tényező, az épületek ilyen kis visszafogott egy emeletesek.

Névadója Frederick Sanger, a britt biokémia egyik legnagyobb figurája: kétszer kapott kémiai Nobel díjat, egyszer az inzulin szerkezetének meghatározásáért, a másodikat a DNS szekvencia meghatározási módszer kifejlesztéséért. A névadás nem véletlen! Az intézet fő profilja annak felderítése, hogy a génekben tárolt információ miként válik megfigyelhető tulajdonsággá. Ez egy rendkívül nehéz és szerteágazó problémakör, amin világszerte rengeteg intézet és csoport fáradozik. Az itt dolgozó kb 40 csoport különböző kísérletes megközelítést használ, de közös bennük, hogy munkájuk a helyi csúcsszuper DNS szekvenátor park szolgáltatásán alapszik. Ugyanakkor néhány csoport, mint például a miénk, egyátalán nem végez kísérletes munkát, kizárólag a világszerte összegyűjtött és rendszerezett minták szekvencia-analízisét végzi.

Májusi életkép

Még egy kisebb mammutfenyő is van a kertben, úgyhogy,
ha néha hiányozna Kalifornia csak le kell ballagni.

Tip-top retro konferencia központ.

Ez a Morgan épület, ahol a mi csoportunk is dolgozik.

Csoportunk neve "Analytical genomics of complex traits", ami kb azt takarja, hogy összetett tulajdonságok örökletes hátterét kutatjuk számos egyedből származó DNS szekvencia összehasonlításával. Itt olyan tulajdonságokra kell gondolni, mint pl. elhízás, skizofrénia, magas vérnyomás, testmagasság. Ezek a tulajdonságok családon belül (és egypetéjű ikreknél) korrelálnak, azaz genetikai meghatározottságuk erős, ugyanakkor nem köthetők egy vagy néhány génhez, hanem a tulajdonság kialakulását számos, egyenként kis hatású változat kombinációja alakítja ki. Gondolom már érződik, hogy a probléma nem egyszerű... olyannyira nem, hogy a csoportban komoly módszerfejlesztés is folyik olyan statisztikai eljárások kidolgozására, amivel minél megbízhatóbban lehet a genetikai háttér és a megfigyelt tulajdonság közötti összefüggést megállapítani. Az eljárás kb. úgy működik, hogy keríteni kell egy csomó embert (mi izolált populációkkal dolgozunk, ahol a nagy beltenyésztettség kedvez az analízisnek), rögzítjük az adataikat, annyira részletesen, amennyire csak lehet (ezt az első lépést együttműködő helyi kórházak kutatóorvosai végzik). Majd elküldik hozzánk a mintákat szekvenálni, amit teljes egészében az intézet belsős szekvenáló csoportja szolgáltat számunka. (A csoportunkból még senki sem látta a szekvenáló labort! :)

Egy kép a szekvenáló laborból. 

Innen vesszük mi át a stafétát! A szekvenciák analízise nagyon számításigényes feladat, amire a helyi szuperszámítógépet használjuk. Itt sok esetben több ezer ember genomjáról és analíziséről van szó, ami darabonként is gigabite-os nagyságrendbe esik. Tehát van ez a nagy kupac A T C és G betű, és megnézzük, hogy milyen kombinációk korrelálnak az orvosok által regisztrált tulajdonságokkal. Ilyen vizsgálatból sikerült észrevenni, hogy bizonyos génváltozat a krétai görög populációban valamilyen módon megvédi az embereket attól, hogy a magas vérnyomás szövődményei megbetegedést okozzanak. Ennél a populációnál azt látjuk, hogy borzasztó egészségtelenül étkeznek, elhízottak, magas a vérnyomásuk, de nem betegek... míg az többi görög populációban a magas testsúly és vérnyomás szövődményei gyakoriak. Ez az új ismeret segít egyrészről megérteni a betegség kialakulását, másrészt terápiás célpont lehet. Na, ennyit a tudományról.

Amikor késő délután, egy kiadós jégeső után végre kisütött a nap, ilyen bizar színek vannak.

Az épületek mellett található még egy kis tavacska is, amit nagyon szeretnek a vadlibák. 

A számítógépről viszont mindenképpen kell írjak, annyira menő! A gép egy üvegfallal elválasztott helységben található a mi épületünk földszintjén, úgyhogy akármikor megnézhetem, hogy bajlódnak a kis processzorok a bug-os Perl scriptjeimmel. A gép 6100 processzort tartalmaz, az adatokat egy 3000 TB(!!) kapacitású gyorstároló szolgáltatja. A villanyszámla havi 15 ezer font.

A folyosóra néző szuperszámítógép.

Ilyen cuki kis bárányok legelésznek az intézetbe vezető út mentén.

Az intézet high-tech miliője és a befogadó vidéki angol környezet éles kontraszban áll egymással: az épületek között tágas terek, szépen rendezett kertekkel, mókussal, nyuszikkal, vadlibákkal és kacsákkal (és persze az elmaradhatatlan fél centisre nyírt méregzöld pázsit). Az intézet kvázi a semmi közepén van, (na jó, Cambridge-től kb. 20 perc autóval), ami számunkra nagyon jó hír, mert úgy tudunk békés vidéki környezetben élni, hogy közel a munkahelyem, és a városi magas albérletáraktól is megszabadultunk. Remek dolog reggelente bicajra pattanni és álmos kis falukon keresztül, legelő birkanyájak mellett betekerni egy tudományos központba. Az izoláltság miatt egy csomó szolgáltatást is meg kell szervezzen a cég: a munkásokat több irányból buszok hozzák-viszik, nagyon jó, relatíve olcsó menza van területen, van edzőterem (havi kőkemény 4 angol fontért :), sőt van bölcsi/ovoda is a dolgozók csemetéinek. A bölcsi sajnos nagyon telített: általános, hogy már a terhesség alatt lefoglalják a helyet a gyerkőcnek! A sorbanállást még a havi ezer fontos ár se apasztja el.

A gyerkőcöket kihajtják legelni a mezőre, ha jó az idő. Itt aztán jó ovisnak lenni!

Annak ellenére, hogy ilyen osztott térben dolgozunk, nincs nagy zaj, sokszor reklamáltak is, hogy olyan a
szoba hangulata, mint egy könyvtáré.

Gondolom az összes olvasót sikerült meggyőznöm, hogy egy minden létező szempontból top kategóriás helyről van szó! Ami miatt  mégsem teljes az öröm, hogy már megint sikerült olyan munkahelyet találnom, ahol frusztrálóan okos emberekkel vagyok körbevéve (van egy matek olimpikon aranyérmes pl.), nagy a teljesítménykényszer (persze közel sem annyira őrültek, mint a UCSF-en), ráadásul a váltás miatt amúgy is rengeteg bepótolni valóm van. Ugyan a benn töltött idő a buszok miatt eléggé kötött, és fél hat hat között már otthon is vagyok, de Áron elaltatása után többnyire folytatom a munkát vagy szakirodalmat olvasok amíg bírom... komolyan, az első két hónapban a megbeszéléseken kb. csak a kötőszavakat értettem, mindig kijegyzeteltem azokat a szavakat, amit sokszor mondtak, és utólag rekonstruáltam az elhangzottakat, miután utánanéztem a szakkifejezések jelentésének. Nagy szerencse, hogy a főnök (35-40 közötti nőci két kisgyerekkel) nagyon megértő és segítőkész, és az egész csoportban nagyon támogató a légkör (modjuk a közvetlen főnök egy OCDs statisztikus csaj, na tőle néha agybajt tudok kapni). Kezdem feladni, hogy nekem valaha olyan melóm legyen, ami kevéssé stresszes és nem érzem folyamatosan hülyének magam.

Viszont felfdeztem egy érdekes, munkahelyeken átívelő mintázatot: az ELTÉn az 5., a UCSF-en a 3., itt az 1. emeleten dolgozok! Nem tudom, hogy mi lesz a Sanger után, de nem sok jót várok tőle. :D